Благодаря эффективным действиям джедаев и Отряду Бракованных клонов, Республика уже имеет в своем распоряжении секретную информацию, содержащую стратегию ситхов. Ввиду этого, вскоре Сенат вместе с Советом принимает решение немедля начать атаковать силы Конфедерации, нанеся им сокрушительный удар в военных действиях, которые сейчас разворачиваются на планете Анаксис. Спустя некоторое время после этого пути капитана Рекса, Энакина Скайуокера и отряда бракованных клонов вновь пересекаются. В рамках очередного жесткого военного столкновения им снова предстоит объединить свои силы и сделать все, чтобы своими действиями повернуть ход событий в свою пользу.